荧光磁粉探伤机的深度一般不超过1-2mm，但对于埋藏较深的缺陷很难工作。荧光磁粉探伤机不能检测奥氏体不锈钢材料和用奥氏体不锈钢焊条焊接的焊缝，荧光磁粉探伤机不能检测铜、铝、镁、钛等非磁性材料。马氏体不锈钢和沉淀硬化不锈钢具有磁性，可以进行磁粉检测。
荧光磁粉探伤机检测缺陷时，灵敏度与磁化方向有很大关系。如果缺陷方向平行于磁化方向，则难以出现与工件表面夹角小于20度的缺陷。此外，表面上的浅划痕、深埋的孔洞、锻造的褶皱等。不容易被发现。
如果工件表面有涂层、油漆层、喷丸层等。荧光磁粉探伤机会对磁粉检测灵敏度产生负面影响。盖层越厚，影响越大。由于工件的磁化主要是通过电流产生的磁场来实现的，所以大型工件往往需要较大的电流，一些磁化后剩磁较大的工件也需要退磁。